A presença e distribuição dos animais no Parque está intimamente relacionada com a situação da vegetação, tanto no Parque quanto no seu entorno. Um dos grupos mais afetados pelo estado das florestas é o das aves. Pesquisas indicam que podem existir cerca de 228 espécies de aves no Parque, sendo que na elaboração do Plano de manejo foram identificadas 67 espécies a campo.
Em relação aos mamíferos, temos 116 espécies de possível ocorrência na região do Parque, das quais 22% apresentam-se em algum grau de ameaça. Até o momento não foi identificada nenhuma espécie endêmica para o Parque e região. Os animais mais ameaçados de extinção são os carnívoros e espécies alvo de caça como veado, paca, cutia e porcos-do-mato. Os porcos-do-mato assim como algumas espécies de macaco (bugios) podem já estar extintos localmente.
Assim, o Parque, como unidade de proteção integral, poderá ter implicações importantes para a conservação destas espécies da região, já que muitas dessas estão ameaçadas de extinção e a pressão de caça ainda existe. Como pesquisas prioritárias o Parque deve ampliar seu conhecimento sobre as aves e mamíferos na Unidade de Conservação e entorno.